En 1989 son ordenados en Ecóne, 34 nuevos sacerdotes, entre ellos:
Ø Francois Castel (francés)
Ø José Ma. Mestre Roc (español)
Ø Oliver Berteaux (francés)
Ø Crain Bufe (zimbawe)
Ø Coenraad Daniels (sudafricano)
Ø Wolfgang Dickele (alemán)
Ø Bruno Isenmann (alemán)
Ø Burkhard Kaldenback (alemán)
Ø Francois Knittel (francés)
Ø Phillippe Lovey (suizo)
Ø Robert Matheus (belga)
Ø Markus Pfluger (suizo)
Ø Jean-Luc Radier (francés)
Ø Guillaume de Tanouarn (francés)
Ø Klaus Wilhem (alemán)
En Winona, son ordenados los norteamericanos Paul Kimball, Timothy Pfeiffer, Paul Tague y John Young.
El 20 y 21 de mayo de 1989 tiene lugar la más grave crisis de la Fraternidad en Hispanoamérica: una salida masiva de Sacerdotes y seminaristas, la mayoría con un año o dos de estudios del Seminario argentino de La Reja. Catorce estudiantes mexicanos, entre ellos Manuel Odríz Ramírez, Salvador Velásquez Fuentes, Pedro Hugo Esquives, Luis Alberto Madrigal Madrigal, Florentino Panecatl, José Álvaro Reyes Cabrera (diácono), Urbano López, Edgard González y Jaime Siordia Portugal, así como el guatemalteco Luis Armando Argueta Rosal, y 10 sudamericanos, entre ellos el peruano Sixto Machaca Fernández (diácono), el colombiano Héctor Rodríguez y los argentinos Luis Alberto Jurado (diácono), Fernando Navarro, Julián Espina Leupold, Hugo Daniel y Juan José Squetino Schattenhofer, Carlos Augusto Ercoli, Diego Lima y Gerardo Granero, de un total de 45 seminaristas, junto con 6 sacerdotes, abandonan la Fraternidad argumentando relajamiento de la disciplina y criticando la posición ambigua de la Fraternidad respecto del reconocimiento de Juan Pablo II como legítimo Papa.
Los seminaristas que se quedaron, eran los mexicanos Gustavo Quintanar Rivera (ordenado al año siguiente), Juan Carlos Luna Navarrete, Marcelo Cohetero Terán (quien saldría al poco tiempo y fuera ordenado por Mons. Marco Antonio Pivarunas en 1992), Bernardo Castillo, los argentinos José Ramón García Gallardo (ordenado en 1990), Fabián Ham, José María Espósito, Alejandro Contento, Alejandro Sosa, Marcelo Castro Cano, Juan José Turco, Claudio Formica, Ezequiel María Rubio, el venezolano Tomás Paz, el dominicano Porfirio Martínez, el chileno Pedro Salas, y los brasileños Pablo de Lima, José de Matos Barbosa (ordenado en 1994) y el Hno. Ángel.
Los sacerdotes que salieron eran: Andrés Morello, Antonio Félix Mathet, Alfredo Medina, Ricardo Ruiz Vallejo, José de Jesús Becerra Rodríguez y Rafael Lira Gutiérrez.
En realidad esta salida masiva fue el resultado de una grave crisis que se venía gestando desde hacía tiempo. El Superior de Distrito desde 1980 era el P. Jean-Michel Faure, bajo cuya dirección sucedieron hechos bastante confusos:
a) el rector del seminario, el P. Andrés Morello, fue sustituido en 1988 por Mons. De Galarreta, y enviado al Priorato de Santiago en febrero de 1989. Otro profesor, el P. Sergio Ruiz, fue enviado a la ciudad de México.
b) en el Seminario no se enseñaba a los alumnos sobre la infiltración judeo-masónica dentro de la Iglesia Católica.
c) se aceptaron a algunos seminaristas mexicanos tales como Juan Carlos Luna Navarrete y Abraham Medina, que a los ojos del Rector del Seminario, el P. Andrés Morello, no tenían la "idoneidad" para el sacerdocio.
Ch) el papá del P. Faure era judío y en esas fechas murió y fue sepultado según el ritual judío.
d) promovió el ingreso como seminarista de Gustavo Zonana, judío y sobrino del Rabino de Mendoza.
e) promovía al P. Álvaro Calderón Robello y al P. Ernesto Cardozo para que fueran maestros en el Seminario, siendo ambos de origen judío (dos tíos de Calderón estaban casados con judías, y un tío suyo, hermano de su madre, recibió homenajes de un instituto científico israelí otorgados solamente a personas judías)
f) designó el judío húngaro Andrés Tothvaradjay de Asboth como director de la publicación oficial del Distrito, “Roma Eterna”.
g) hasta en tres ocasiones permitió la entrada de homosexuales como aspirantes al Seminario, siendo el caso más escandaloso el de Carlos Urrutigoity.
h) mantenía relaciones con las familias judías brasileñas Rosen y Fleichman.
Desde 1988 el P. Sergio Ruiz se dio cuenta de esto y viajando sin permiso del P. Faure fue desde México a Ecóne a exponer la situación a Mons. Lefebvre, quien le pidió que le entregara un informe detallado al P. Schmidberger, Superior General de la Fraternidad. Asíla Fraternidad expulsó formalmente al P. Sergio Ruiz. En el Seminario, el P. Schmidberger personalmente expulsó al seminarista Abraham Medina la mañana del domingo 20 de mayo, siendo éste el detonante para que 20 estudiantes más decidieran irse.
Algunos de ellos (Manuel Odríz Ramírez, Salvador Velásquez Fuentes) todos mexicanos, acuden con el antiguo Rector del Seminario, el P. Morello, y fundan el “Seminario de Nuestra Señora de Guadalupe”, en el poblado de El Bolsón, provincia de Río Negro, en la patagonia Argentina, con una mística jesuítica, formando la Congregación denominada “Compañía de Jesús y de María”, adheridos a la tesis de “cassiciacum”.
En 1996 Mons. Martínez ordena en Guadalajara a Manuel Odríz, Salvador Velásquez y a Luis Alberto Madrigal. Este último decide quedarse permanentemente con Monseñor, mientras los 2 primeros regresan a la Argentina con el P. Morello. El 16 de Junio del 2001 Mons. Martínez ordena en Guadalajara a Adán Martínez, Noel Ramírez y a Rigoberto Sánchez Mariscal. Ya antes había sido ordenado Pedro Hugo Esquives. El P. Odríz y el P. Velásquez llegan a Guadalajara a establecer una Misión. Con esto, en total había 7 sacerdotes y 5 seminaristas en la Congregación. El
En México, cuatro sacerdotes de la Fraternidad (Alfredo Medina, José de Jesús Becerra Rodríguez, Rafael Lira Gutiérrez y Ricardo Ruiz Vallejo) la abandonan. Los tres primeros pasan a ser sedevacantistas y el último de ellos ingresa al año siguiente al “Instituto Cristo Rey Sumo Sacerdote”, haciéndose cargo de una capilla en Madrid. Los PP. Sergio Ruiz, Rafael Lira y José Álvaro Reyes fundan el 17 de Octubre de 1995 en Guadalajara la “Obra Mariana Carmelita”, congregación religiosa que sigue la Regla del Carmen, con el objetivo principal de orar por la conversión del pueblo judío y difundir el mensaje de Fátima.
En diciembre de 1989 son ordenados en La Reja :
Ø Silviano Bernabé Uribe (mexicano)
Ø Bernardo Terrera (argentino)
Ø Porfirio Martínez (dominicano)