El 2 de febrero del 2006, el primer sacerdote polaco de la Fraternidad , Rafael Trytek, que venía trabajando en el Priorato de Varsovia, publica una carta donde critica a la Fraternidad y decide separarse al declarar la sedevacante. En el Priorato de Varsovia trabajan además, los alemanes Kart Stehlin y Anselm Ettelt, el jesuita polaco Edward Wesolek, el americano John Jenkins y el lituano Raivo Kokis.
El 16 de febrero de 2006, 2 seminaristas de la Fraternidad de San Josafat son ordenados al diaconado en Varsovia por Mons. Tissier.
También en febrero, 3 de los 4 seminaristas hindúes de la Fraternidad abandonan el seminario de Goulburn apenas 3 semanas después de haber renovado su obediencia a la Fraternidad y de haber recibido las órdenes menores. Su regreso al seminario diocesano de Bombay estuvo avalada por el Card. Darío castrillón Hoyos, y por el Arzobispo de Bombay, Iván Dias.
En abril de 2006 corren fuerte rumores de que Benedicto XVI va a "liberar" la Misa Tridentina.
Al poco tiempo, el 8 de Septiembre, se anuncia la formación en Francia del “Instituto del Buen Pastor”, por 5 sacerdotes que habían sido de la FSSPX : Philippe Laguerie, Guillaume de Tanouarn, Claude Barthe, Christophe Héry y Paul Aulagnier; y 4 seminaristas que habían sido de la Fraternidad. De40 kilómetros al suroeste de Chartres. El permiso les permite celebrar “misas privadas” en “oratorios”.
El 24 de Junio son ordenados en Winona 3 norteamericanos (Paul Robinson, Stephen Arabadjis y Mark Stafki), así como un canadiense (Dominic May).
El 6 de Junio son ordenados en Ecóne 4 franceses:
Ø Louis Turpault,
Ø Benoit Martin de Clausonne,
Ø Renaud de Sainte-Marie,
Ø Benoit de Villemagne,
y 11 diáconos (9 de la Fraternidad ):
Ø David Aldalur (francés)
Ø Christophe Cailler (francés)
Ø Antoine de Lestrange (francés)
Ø Etienne de Mornay (francés)
Ø Jean Guillon (francés)
Ø Louis Julien (francés)
Ø Xavier Lefebvre (francés)
Ø Romain Pons (francés)
Ø David Sherry (irlandés)
y 2 benedictinos del monasterio de Nuestra Señora de Bellaige).
El 30 de junio son ordenados en Alemania:
Ø Christof Pfluger (suizo)
Ø Pirmin Suter (suizo)
El 30 de Junio el pastor luterano Sten Sandmark, de la Iglesia de Oskars-hamm (Suecia) se convierte al catolicismo y abjura de sus errores en la Iglesia de San Nicolás del Chardonet, ante Mons. Bernard Tissier de Mallarais. Había fundado en 1992 la Orden de los Agustinos y llevaba 31 años como pastor. Uno de sus religiosos, el joven Joacim Svensson, de 19 años, ingresa al Seminario de Zaitkofen y será ordenado posteriormente.
En Noviembre de 2006, un joven sacerdote modernista argentino, el P. Ivo Bersano, de la diócesis de Villa María, Córdoba, demandó a su obispo y le ganó un templo para oficiar la Misa Tridentina , ligado en cierta forma con la Fraternidad.
Ya antes se habían unido a la Fraternidad el P. Ariel Damín y el diácono Darío Varela, ambos salidos de la Diócesis de San Luis y ordenados por Mons. Lona, y re-ordenados subconditiones por Mons. Williamson.
El 21 de Noviembre de 2006, Mons. Williamson ordena en Varsovia a 2 sacerdotes y 7 diáconos para la Fraternidad Sacerdotal de San Josafat.
En diciembre son ordenados en La Reja 4 sacerdotes:
Ø Eduard Alexander Blandón Páez (colombiano)
Ø Rodolfo Eccard Vieira (brasileño)
Ø Fidel Ferrer (filipino)
Ø Pablo Andrés González Gerhards (chileno)
y un diácono (Alejandro Rivero, argentino).
El 27 de diciembre son ordenados en Goulburn, Australia, un australiano (Robert Michael Johnson), un neozelandés (Michael James Lavin) y un norteamericano (Christopher Richard Curtis).
También en diciembre, siete pastores luteranos estonios se unen a la Fraternidad de San Pío X, después de que el P. Karl Stehlin les predicó unos ejercicios espirituales.
En total, durante 2006 fueron ordenados 17 nuevos curas para la Fraternidad.
