Para 1995 la Fraternidad tiene ya 336 sacerdotes trabajando en prioratos de 27 países, 226 seminaristas estudiando en 6 seminarios y 600 lugares donde se celebra la Santa Misa.
En abril de 1995 Gerard Calvet, Abad de Le Barroux, concelebró con Juan Pablo II con el Novus Ordo, en el mismo momento en que le iba a presentar una petición a favor de la Misa Tradicional.
El 24 de Junio de 1995 son ordenados por Mons. Galarreta 4 nuevos sacerdotes en el Seminario Americano de Winona: Vicente Griego, Eric Ensey, Joseph Dreher y Greig González.
En Agosto de 1995 el Obispo Emérito de Quezón, Filipinas, Mons. Salvador L. Lazo, anuncia su retorno a la Tradición, después de haber conocido y tratado al P. Paul Morgan, Superior del Distrito de Filipinas.
El 25 de febrero de 1996 fallece en Buenos Aires el P. Raúl Sánchez Abelenda, a los 67 años de edad. Fue de los primeros en Argentina en rechazar el modernismo y de los más cercanos colaboradores de Mons. Lefebvre en este país.
En el verano, son ordenados en Winona 6 sacerdotes: John Fullerton, John Peck, Peter Katzaroff, Marshall Roberts, Robert Neville y Angelo Van der Putten. En Ecóne, son ordenados 3 nortemaericanos: Michael MacMahon, Gerard Beck y Chad Kinney, además del francés Francois Chazal y el belga Michel Boniface. En Australia es ordenado Alan Mullan.
En Julio de 1996 el P. Giulio María Tam (italiano) se ve envuelto en un escándalo a ser acusado por el padre de una joven española de 24 años, Mar Amargo, de haberla seducido, abusando de la dirección espiritual.
Al poco tiempo, otro sacerdote, el español José Luis Brustenga, se ve envuelto en un caso similar. Brustenga había sido ordenado en Ecóne en junio de 1986 y abandonó la Fraternidad en 1989.
El P. Tam fue candidato a diputado al parlamento europeo en las elecciones de Junio de 2004 participando dentro de la lista del partido fascista Alternativa Social, lidereado por Alessandra Mussolini.
A finales de 1996 los Distritos más importantes para la Fraternidad son: Francia, con 33 prioratos y 110 sacerdotes, y Estados Unidos de América, con 15 prioratos y 43 sacerdotes.
El 8 de Diciembre de 1996 son ordenados en La Reja, por Mons. De Galarreta, dos sacerdotes: Claudio Toledo Camargo, brasileño, y Miguel Angel Sánchez Malagón, mexicano.
El 24 de Diciembre de 1996 fallece el P. Marc Van Es.
En este año la Fraternidad Sacerdotal de San Pío X decide crear sus propios tribunales eclesiásticos especiales para juzgar sobre nulidades matrimoniales, en vista de que los legítimos tribunales diocesanos estaban aplicando anárquicamente el Derecho Canónico, otorgando las nulidades con toda frivolidad. A raíz de esto, algunos sacerdotes renunciaron a la Fraternidad, como el colombiano Rafael Navas Ortiz, quien se quedó atendiendo un oratorio privado en Santiago de Chile.
